Sciences et ingénierie des données
Les données, l’informatique et les méthodes représentent les trois pierres angulaires majeures, sur lesquelles lancer une stratégie numérique de transformation de l’ensemble du paysage allant de la médecine 5P à One Health. Les défis auxquels cette transformation est confrontée sont cependant importants, en raison de la masse et de l’hétérogénéité des données, de la dispersion des ressources numériques et de la déconnexion qui peut exister entre les disciplines scientifiques, les programmes de formation, et les réseaux professionnels.
Un hub de données complet. La science de pointe s’appuiera sur un programme de collecte et de gestion des données entièrement intégré, reliant les données quantitatives / qualitatives / historiques / prospectives / multi-échelles, afin de renforcer les liens entre la recherche universitaire, les établissements de santé et les décideurs. Les dossiers électroniques des patients/l’imagerie/la biologie/le séquençage/les données de sciences environnementales et sociales sont des exemples des données concernées. Il s’agira de capitaliser sur le paysage inédit offert par Lyon quant à l’expertise en santé numérique et en ingénierie (télémédecine/appareils connectés/capteurs de population et environnementaux…) dans une perspective One Health. Le centre de données permettra aux agences environnementales et de santé humaine/animale en réseau de partager et d’échanger des données médicales sur la base des principes FAIR et d’assurer l’interopérabilité des données.
Pour relever ces défis, SHAPE vise à établir une chaîne de valeur scientifique complète, de la collecte de données à la production et à la mise en œuvre de connaissances, en créant un entrepôt de données basé sur une infrastructure numérique intégrée et datacenter sur le campus LyonTech-la Doua. Ceux-ci représenteront une ressource stratégique, autour de laquelle attirer, structurer et intégrer toute une communauté : recherche/ingénierie/acteurs hospitaliers et socio-économiques/programmes de formation. À tous les niveaux, la transformation numérique fera de la transdisciplinarité une stratégie clé, en favorisant les retours d’information et la fertilisation croisée entre la recherche fondamentale et la production translationnelle.
L’acquisition, la disponibilité, la qualité et la diversité des analyses de données sont toutes associées à d’importants défis méthodologiques. En ce qui concerne l’acquisition, nous nous appuierons sur des experts locaux en ingénierie disposant de données sur la santé et l’environnement, nous développerons des capteurs et des applications pour smartphones ou encore des outils innovants permettant aussi d’intégrer la participation des citoyens dans la construction et le recueil. Le traitement de données volumineuses, hétérogènes, structurées dans l’espace et à plusieurs échelles nécessitera des développements mathématiques, statistiques et informatiques, avec des informaticiens pour l’intelligence artificielle et l’apprentissage automatique, l’analyse des données, la modélisation et la simulation, l’imagerie…
Animatrices et animateurs
Nicolas Lartillot
Directeur de recherche, Université Lyon 1
Sara Bouchenak
Professeure à l'INSA Lyon
Matthieu Foll
Chercheur en bioinformatique au CIRC
Delphine Maucort-Boulch
Professeure à l'Université Lyon 1et HCL
Paulo Goncalves
Chercheur senior à l'Inria
Philippe Malbos
Mathématicien
Projets financés
Projets d'amorçage — 24 mois
Projets structurants — 48 mois
Approches innovantes pour l’étude des interactions entre cellules cérébrales, garantes de la santé du cerveau et cibles de futurs traitements.
Hugues BERRY | Inria / Alstrosight
Olivier RAINETEAU | SBRI
Extraction de symptômes des dossiers de santé électroniques pour la création de cohortes automatiques.
Philippe VANHEMS | CIRI, HCL
Angela BONIFATI | LIRIS
Outil d’aide à l’orientation des patients suspects de maladie rare vers les centres de référence Maladies rares (CRMR).
Justine BACCHETTA | LYOS / HCL
Thomas GUYET | Inria / Alstrosight
Données intelligentes pour améliorer l’apprentissage automatique en cancérologie.
Loïc VERLINGUE | CRCL
Guillaume METZLER| ERIC
Capteur vestibulaire- recherche translationnelle en groupe d’experts.
Lucian ROIBAN | MATEIS
Eugen IONESCU | HCL
Une plateforme numérique dédiée à la surveillance de la virosphère.
Vincent NAVRATIL | PRABI
Laurence JOSSET | CIRI-HCL
Oldrich NAVRATIL | EVS
Jocelyn TURPIN | IVPC