Le projet Easier-Cohort
Le projet EASIER-COHORT vise à créer automatiquement des cohortes de patients pour des études épidémiologiques. Il se concentre sur l’extraction d’informations de dossiers médicaux électroniques des patients pour identifier les populations nécessitant un dépistage de la grippe, en utilisant des techniques de traitement du langage naturel.
Le projet utilisera la politique de dépistage systématique de la grippe pendant la pandémie de COVID-19 aux Hospices Civils de Lyon (HCL) pour comparer les caractéristiques des patients testés positifs pour la grippe avant et pendant la pandémie. Cela permettra d’identifier des populations à risque d’infections grippales non testées auparavant.
Ce projet vise à réduire les coûts et le temps de l’annotation manuelle des dossiers médicaux et à faciliter la création de futures cohortes, notamment avec la mise en place de l’entrepôt de données de santé des HCL. Appliqués à la détection de cas, les résultats du projet pourraient contribuer à la prévision de futures pandémies.
Les porteurs · euses :
Angela BONIFATI
Angela Bonifati est Professeure Émérite en Informatique à l’Université Lyon 1 et au laboratoire de recherche CNRS Liris, où elle dirige le groupe de bases de données. Elle est également Professeure Associée à l’Université de Waterloo au Canada et Membre Senior de l’Institut Universitaire de France (IUF). Ses intérêts de recherche actuels portent sur plusieurs aspects de la gestion des données, incluant les bases de données graphiques, les graphes de connaissances, l’intégration de données et la science des données ainsi que leurs applications multidisciplinaires.
Philippe VANHEMS
Philippe Vanhems a obtenu son diplôme de médecin à la faculté de médecine de Nancy en 1992. Il a été nommé professeur d’épidémiologie et de santé publique en 2003 à l’Université Claude Bernard Lyon 1. Il est actuellement chef du service d’épidémiologie et de contrôle des infections aux hôpitaux universitaires de Lyon. Il dirige un groupe de recherche sur l’épidémiologie des maladies infectieuses, y compris des projets de vaccins, au sein du Centre international de recherche en infectiologie (équipe PHE3ID/CIRI https://ciri.ens-lyon.fr/teams/PHE3ID). Ses principaux thèmes de recherche sont la prévention et l’épidémiologie des maladies infectieuses, y compris les études sur les vaccins.
Marta NUNES
Marta Nunes est directrice du Centre d’excellence sur les pathogènes respiratoires (CERP) à Lyon, en France, depuis septembre 2022. Elle est professeur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 et professeur invité à l’Université du Witwatersrand à Johannesburg, en Afrique du Sud. Elle a effectué sa thèse de doctorat au Weill Medical College de l’Université Cornell à New York, aux États-Unis. Elle a effectué son stage post-doctoral au département de parasitologie de l’Institut Pasteur à Paris. En 2009, elle s’est installée en Afrique du Sud où ses recherches se sont concentrées sur la réduction de la morbidité et de la mortalité des enfants de moins de cinq ans, y compris l’évaluation des vaccins antipneumococciques conjugués dans des contextes à forte charge de VIH, et sur la description de l’épidémiologie clinique et moléculaire des pneumonies respiratoires associées à des virus.
Andrea MAURI
Andrea Mauri est Professeur Junior (Chaire de Professeur Junior) à l’Université Claude Bernard Lyon 1, affilié au laboratoire de recherche LIRIS. Sa recherche se situe à l’intersection de l’Interaction Homme-Machine et de la Gestion des Données. Il s’intéresse à étudier comment intégrer la perspective humaine et les méthodes computationnelles dans la conception, le développement et le déploiement d’applications intensives en données – avec un focus particulier sur le domaine de la santé – avec pour objectif de les rendre efficaces, performantes et conscientes des caractéristiques, besoins et valeurs des personnes.
Cécile CHAUVEL
Cécile Chauvel est chercheuse en biostatistique et en data science au Centre d’Excellence sur les Pathogènes Respiratoires (UCBL, HCL et CIRI) créé en 2022. Après une formation en statistique théorique et titulaire d’un doctorat en biostatistique de l’Université Pierre et Marie Curie (Sorbonne Université), son parcours professionnel s’inscrit dans différents organismes des secteurs privé et public. Ses travaux actuels portent sur la modélisation de données épidémiologiques dans le domaine des infections respiratoires aigües, notamment pour rechercher des facteurs de risque associés à ces infections ou encore modéliser des dynamiques épidémiques.